Wzmożoną pracę badawczą i wynalazczą w Wiedniu przerwał Szczepanikowi obowiązek służby wojskowej. Jeszcze jako nauczyciel odbywał krótkie ćwiczenia wojskowe ale porzucenie zawodu nauczycielskiego nakładało obowiązek odbycia pełnej trzyletniej służby. Musiało się to wiązać z przerwaniem prac badawczych a dla wspólników Szczepanika poniesieniem strat finansowych. Galicyjskie Towarzystwo Akcyjne zwróciło się więc do cesarza Franciszka Józefa z prośba o zwolnienie - już wówczas znanego wynalazcy - z tego obowiązku. Takie zwolnienia stosowano wobec osób wybitnie utalentowanych. Dwór wiedeński prośbę rozpatrzył pozytywnie. Ale w roku 1900 władze austriackie ponownie wezwały wynalazcę do odbycia służby wojskowej. Tak Jan Szczeapanik znalazł się w twierdzy przemyskiej. Komendant twierdzy gen. Galgotzy otrzymał jednak z Wiednia listy protekcyjne co umożliwiało Szczepanikowi odbywanie służby wojskowej na specjalnych warunkach. Mógł więc kontynuować pracę badawczą choć poza swoim labolatorium. Poświęcał się więc często studiowaniu literatury fachowej w przemyskiej bibliotece narodowej, a środowisko naukowe miasta znając wcześniejszy dorobek wynalazcy przyjmowało go z szacunkiem. Sekcja Przemysłu Lwowskiego Towarzystwa Politechnicznego zorganizowała z udziałem Szczepanika sesję naukową omawiającą wynalazki "galicyjskiego geniusza": autmatyczny proces przenoszenia wzorów , automatyczne odczytywanie szablonów , elektryczne sterowanie maszyną żakardowską (patrz wynalazki).

    W środowisku inteligencji przemyskiej Szczepanik poznał dr. Zygmunta Dzikowskiego, późniejszego lekarza powiatowego, członka Towarzystwa Lekarzy Galicyjskich, który rozumiejąc jak oderwanie wynalazcy od jego labolatorium może niekorzystnie wpłynąć na wyniki badań, zwrócił się z prośbą do komendanta twierdzy o zwolnienie Szczepanika z odbywania dalszej służby. Odpowiedź była negatywna.

     Ale pobyt w Przemyślu przyniósł znaczące konsekwencje dla życia prywatnego wynalazcy. W domu Zygmunta Dzikowskiego Szczepanik poznał jego córkę - Wandę, którą obdarzył uczuciem i to z wzajemnością.     Była osobą wykształconą, podzielała jego zainteresowania artystyczne, doceniała talent i ambicje wynalazcze. Po dwuletnim okresie znajomości, w Tarnowie - gdzie rodzina Dzikowskich przeniosła się w związku z awansem doktora, Szczepanik zawarł związek małżeński z Wandą Dzikowską.