Czasy krakowskie

Nauka w krakowskim seminarium nauczycielskim pozwoliła Janowi osiągnąć dojrzałość intelektualną. Przygotowując się do pracy w szkole poznawał zasady metodyki, ćwiczył umiejętność stawiania sobie celów i w sposób naukowy zmierzania do ich osiągnięcia. Trafił na dobry okres rozwoju myśli pedagogicznej. Unowocześnienie i rozszerzenie programu kształcenia nauczycieli a nawet przedłużenie studiów do 4 lat, dało możliwość dobrego przygotowania i własnego rozwoju w wielu dziedzinach. Nauczył się korzystać z literatury fachowej, posługiwać źródłami naukowymi, bardziej rozumieć samego siebie i innych. Wprowadzona wówczas w oświacie zasada użyteczności podnosiła znaczenie praktycznych działań w toku kształcenia ogólnego. A doświadczenia praktyczne stawały się pasją młodego nauczyciela. Mógł ją znów dzielić ze swoim przyjacielem Franciszkiem Pikiem, którego rodzice przenieśli się właśnie z Krosna do Krakowa by ich dzieci mogły studiować To u państwa Pików zamieszkał Szczepanik podczas pobytu w seminarium. Tak utrwaliła się dozgonna przyjaźń Jana Szczepanika z przyszłym poetą piszącym pod pseudonimem Mirandola.

To podczas nauki w seminarium nauczycielskim Szczepanik poznał metodę slüydu poprzez którą miał rozwijać techniczne zainteresowania swoich uczniów a póki co sam z pasją poświęcał się ćwiczeniom rozwijając własne możliwości techniczne.

W roku 1891 Szczepanik ukończył seminarium i w wieku 19 lat rozpoczął swoją pracę zawodową.